Orsaken ska vara delade åsikter i frågan om Estlands ortodoxa kyrkors medlemsskap i KEK. I landet finns två ortodoxa kyrkor, varav en hör under det ekumeniska patriarkatet i Konstantinopel och den andra under patriarkatet i Moskva. Den första godkändes som medlem i KEK år 2007. Samtidigt fanns planer på att i framtiden även ta med den andra som medlem.
KEK har trots det inte ännu röstat om medlemskap för Estlands ortodoxa kyrka som hör under patriarkatet i Moskva och som en motreaktion meddelade representanter för den ortodoxa kyrkan i Ryssland att kyrkan lämnar KEK.
120 ortodoxa, protestantiska och anglikanska kyrkor i Europa hör till KEK, som grundades 1959. Finlands lutherska och ortodoxa kyrka hör till KEK.
